开篇小剧场
新世界里，即使没有了使徒，日子也并不安稳，NERV脱离了政府，成为了私立的国际型打击犯罪的组织，并得到了政府的认可，像以前一样，权力高于个别国家。
从此，EVA的驾驶员们成为了FBI中的FBI，为打击犯罪再填一份力。
正篇开始
真嗣接到消息后，立刻起身赶往NERV。在路上，真嗣路过一个便利店，他停下了脚步，跑进店里买了几个巧克力后继续赶往NERV，路上还时不时的吃上几块。
NERV那边，系统捕捉到了使徒的身影，第三新东京市开启了战斗状态，全员进入第一战斗准备。城市里的高楼大厦纷纷下降躲藏到地底，而没有下降的房屋变成了带有武器，能够和使徒交火的战斗模式。NERV派出了战斗机去侦查使徒的动向，非战斗人员和平民全部都疏散完毕。
避难所里，真嗣的同学们都呆的好好的，但是除开那两位同学，在冬治和另一位同学的对话中知道，他叫相田剑齐。剑齐摆弄着相机，但是不管怎样相机只能显示出文字报道，因为新闻被管制了，不会让平民看到的。
此时使徒已经接近第三新东京市防御系统不断向使徒开火，但全部都被使徒的at立场给挡住了，使徒继续前进，政府也再次请求NERV出动EVA。
美里：真啰嗦，不用催我们也会出动的。
真嗣进入插入栓内部，插入栓插入，LCL注入，神经连接没有问题，这时的真嗣突然发现自己不知为何又要驾驶EVA。
真嗣：我这是怎么了？当时的一时恨意冲头想找东西发泄，但现在却变成了这样。我到底是为何而战啊？
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